El 1º de marzo de 1994, lo que se denominaba la Junta Nacional de Granos se convirtió en el Consorcio de Puerto Quequén, constituido como un ente público no estatal que concentra los intereses del estado provincial, el municipio, los trabajadores portuarios y los sectores privados interesados en el desarrollo portuario de la región.
Su Directorio está conformado por un Presidente -designado por el Poder Ejecutivo de la Provincia de Buenos Aires- y ocho directores propuestos por los diferentes actores que intervienen en la operatoria portuaria. Aunque cada sector representado en el Directorio cuenta con la posibilidad de proponer su propio candidato, los mismos están sujetos a la aprobación del Poder Ejecutivo Provincial. Actualmente, la presidencia la ejerce Jorge Álvaro y la gerencia está a cargo de Oscar Morán.
Puerto Quequén cuenta con un total aproximado de 1800 m de muelles ubicados sobre ambas márgenes del río Quequén Grande. Sobre la margen de la ciudad de Quequén, se ubican los giros -o muelles- 1, 2/3, 4/5 y 6 con una extensión aproximada de 1000 m y una profundidad que varía entre los 43 y los 45 pies de profundidad (14 m). Sobre esta margen se ubican las principales terminales de carga concesionadas por el Consorcio a las empresas Sitio 0, A. C. A. y Terminal Quequén. Las mismas poseen una capacidad de acopio superior a las 600.000 toneladas con una velocidad de carga que varía entre las 800 y 2000 toneladas horarias. En la margen de Necochea se ubican los giros 7/8/9/10 (que suman un total de 400 m), 11 (actualmente fuera de servicio) y 12 desde donde, de manera predominante, se comercializa fertilizantes.
En la actualidad, el puerto no cuenta con un puente carretero que comunique las dos márgenes. Después de haber contado con el puente “del puerto” entre los años 1924 y 1969 y el puente “Ezcurra” en el período comprendido por los años 1971 y 1980, la logística de transporte entre ambas márgenes es resuelta a través del puente “Dardo Rocha” y el puente “Domingo Taraborelli” ubicados a 3 y 15 km respectivamente del recinto portuario.
El sistema de abrigo está definido por un escollerado -o breakwater- conformado por la escollera sur (Necochea) con una extensión final de 1588 m de extensión y la escollera norte (Quequén) con un total de 552 m de largo. El canal de acceso suma unos 2200 m de longitud con una profundidad de 45 pies (15 m). La cercanía de los muelles con el Mar Argentino otorga a Puerto Quequén una posición privilegiada que reduce el tiempo de ingreso (y egreso) de buques de más 250 m de eslora a sólo 40 minutos.