La historia del museo arranca el 25 de mayo de 1965 en que se creó la Asociación de amigos de la las Ciencias Naturales, por 5 estudiantes del Colegio Nacional.
Los mismos reunieron objetos de la naturaleza, como restos fósiles de animales de la región, conformado una colección de 23 mil piezas.
La asociación continuó con sus investigaciones y el 5 de noviembre de 1972, por decisión de una asamblea, se creó el Museo de Ciencias Naturales, cuyo primer director fue el agrimensor Edgar Gatti. El material principal fue expuesto en el Centro Cultural.
En noviembre de 1980 la Municipalidad de Necochea aceptó la donación e incorporación del mismo a su patrimonio.
Con información del Área de Museos