Hace 27 años quedó constituido el Consorcio de Gestión de Puerto Quequén, a partir de la aprobación de la Ley Provincial Nº 11.414 en el mes de julio de 1993.
Eran los principios de los años noventa cuando las políticas de descentralización y privatización impulsadas por el estado nacional otorgaron a esta región la posibilidad de desarrollar una nueva figura administrativa ajustada a los intereses de los actores locales.
La creación del Consorcio de Gestión de Puerto Quequén, en 1994, fortaleció al conjunto de los actores protagónicos de la realidad portuaria local e internacional. Los años siguientes a la reestructuración de la administración portuaria se tradujeron en un incremento en la llegada de empresas dedicadas a la producción, acopio y comercialización de la producción regional.
El impulso recibido gracias a las inversiones del sector privado determinaron el desarrollo de obras claves como la extensión de la escollera Sur hasta los 1600 m y la construcción de Sitio 0, entre otras. Las obras de dragado y la ampliación del servicio de remolques las 24 horas posibilitaron el permanente crecimiento de toneladas de exportación.
El Consorcio de Gestión de Puerto Quequén es un ente público no Estatal que concentra los intereses del estado provincial, el municipio, los trabajadores portuarios y los sectores privados interesados en el desarrollo portuario de la región.
Formalmente, el 1º de marzo de 1994 el comenzó sus actividades en su sede de la Avenida Juan de Garay Nº 850 de la ciudad de Quequén.
Está conformado por diferentes áreas que componen la estructura administrativa del puerto orientada a garantizar la operatoria portuaria sobre un total de 12 sitios o muelles ubicados en ambas márgenes del río Quequén Grande donde, así mismo, funcionan las diferentes terminales que operan en el puerto en el marco de las concesiones otorgadas a diferentes empresas de capital nacional e internacional.
Puerto Quequén cuenta con un total aproximado de 1800 m de muelles ubicados sobre ambas márgenes del río Quequén Grande. Sobre la margen de la ciudad de Quequén, se ubican los giros -o muelles- 1, 2/3, 4/5 y 6 con una extensión aproximada de 1000 m y una profundidad que varía entre los 43 y los 45 pies de profundidad (14 m). Sobre esta margen se ubican las principales terminales de carga concesionadas por el Consorcio a las empresas Sitio 0, A. C. A. y Terminal Quequén. Las mismas poseen una capacidad de acopio superior a las 600.000 toneladas con una velocidad de carga que varía entre las 800 y 2000 toneladas horarias. En la margen de Necochea se ubican los giros 7/8/9/10 (que suman un total de 400 m), 11 (actualmente fuera de servicio) y 12 desde donde, de manera predominante, se comercializa fertilizantes. En la actualidad, el puerto no cuenta con un puente carretero que comunique las dos márgenes. Después de haber contado con el puente “del puerto” entre los años 1924 y 1969 y el puente “Ezcurra” en el período comprendido por los años 1971 y 1980, la logística de transporte entre ambas márgenes es resuelta a través del puente “Dardo Rocha” y el puente “Domingo Taraborelli” ubicados a 3 y 15 km respectivamente del recinto portuario.