Ante las quejas y desconfianza por mal funcionamiento, la Justicia investigará posibles irregularidades en el mecanismo de la venta de pasajes. La empresa estatal hizo un descargo al respecto 
El pasado martes, el ex diputado del PRO, Juan Aicega presentó una denuncia penal en el juzgado Federal 1 de Mar del Plata, para que se investigue la sospecha de delitos, con la venta de pasajes de trenes, por la falta constante de disponibilidad y que en varias ocasiones se han visto las unidades vacías en pleno viaje.
A raíz de esto, Trenes Argentinos anunció este viernes, una nueva medida a partir de diciembre, para la venta de boletos. Para garantizar la falicidad y la seguridad a los pasajeros, implementarán un sistema de confirmación en los viajes. Siendo que, si un comprador, no confirma durante las 24 horas previas al viaje, esa plaza se pondrá en disposición nuevamente para que la adquiera otro usuario.
Ante la denuncia del ex Diputado de PRO, la empresa respondió que el fenómeno de los vagones vacíos, se explica por varias razones: aunque se vende el 100% de los pasajes, hay un 10% que por diversas razones no viaja ni devuelve sus asientos. La principal explicación de este comportamiento podría estar en el valor de los tickets, muy barato en comparación con los de ómnibus.
También dijeron que las fotos que usaron como prueba, “son de los coches que van a Mar del Plata después de dejar a la gente en General Guido, donde conectan con Pinamar”.
En un principio la denuncia se había dado a conocer por redes sociales, en donde Aicega manifestaba: “Desde hace un tiempo a la fecha, distintos ciudadanos se han visto impedidos, en reiteradas oportunidades, de poder acceder a la compra de pasajes de tren a los fines de poder trasladarse desde la ciudad con destino a la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, así también a las estaciones de localidades intermedias”.